Скажите пожалуйста: эту визу нужно в визовом центре оформлять или можно самому?

Самому нужно делать. Визовый центр точно эл.визами не занимается.

Как понять : два раза для въезда? Оформить одну за другой визы?

Нет, я имела ввиду, в первый раз - когда будете подавать документы на ВНЖ. Второй раз - уже когда поедете забирать готовое. Второй раз визу делать надо только после того, когда получите уведомление о готовности Вашего ВНЖ. (А вдруг откажут, не дадут, чего ехать тогда?) Она нужна только для в'езда, а там уже Вы, не заглядывая в календарь, на основании бессрочного ВНЖ будете находиться в РФ, а не визы на 16 дней.

Вы же хотите сдать документы и выехать из РФ, а потом снова заехать, правильно?

Кстати, я в своё время спрашивала там, как долго можно не забирать готовое ВНЖ, и мне ответили, что сроков нет, его (книжку эту) не уничтожают, рано или поздно все забирают, как правило в течение года.