Вы понимаете так, что во фразе
> для оформлення закордонного паспорта України (громадяни України , що мають печатку України "Постійне місце проживання" звертаються ТІЛЬКИ в консульські установи України).
речь идёт о штампе во внутреннем паспорте?

Штампы ПМЖ уже давно ставятся сперва во внутр. паспорт (в виде книжки, который уж лет 8 не изымается при оформлении ПМЖ), а затем -- уже по возвращении в Германию, в консулате -- в ЗП. В вашем же случае, когда внутр. паспорт отсутствует (а с ним и печать о ПМЖ), речь о штампе в ЗП.

А с таким штампом в зарубежном паспорте надо обращаться в Центри ДП «Документ» за внутренним паспортом?

Да, именно так, за внутренним, не за ЗП. Ибо в Документе воспроизвести в новом ЗП этот штамп не могут, просто не имеют права. Впоследствии полученную в Документе ИД-карту можно считать через NFC в Дие и использовать для идентификации в еЧерге, для получения термина в консулате (в т.ч. и для подачи документов на новый ЗП).