иностранные ВНЖ/паспорта никак не связаны с пересечением госграницы РФ.

Ну,формально,после паспортного контроля,гражданин перед тем,как пересечь государственную границу посещает и какое то время находится в пограничной зоне. Для посещения которой и нахождения в ней требуется разрешение. И получить его можно,лишь обосновав своё посещение и пребывание там. А так как невозможно пересечь госграницу,не побывав предварительно в пограничной зоне,для туристов,наверное,упрощенный порядок. Например,таким разрешением может служить виза,или паспорт ин.государства. Не доводить же до абсурда,ставя два штампа - при входе в пограничную зону и при пересечении непосредственно госграницы. Тем более,что в воздухе это сделать физически невозможно.

Полагаю так.

У немцев же тоже при выезде из Германии проверяют визы,а за неимением их паспорта? Или не проверяют? Сунул по нос аусвайс и лети куда хочешь?

законы не обязывают гражданина РФ уведомлять пограничника, что он делал или собирается делать за границей РФ.

Закон для любого госслужащего понятие далёкое и довольно абстрактное. В своей работе он непосредственно руководствуется не законом,а внутренним регламентом.