Что не совсем понимаю, если оформлять Aufenthaltstitel, то 2. Vorname можно не указавать, почему проблема возникает именно при Einbürgerung при том же СОР? Фактически, все что нужно, это (по возможности) сохранить отчество, но без указания его на Reisepass/Personalausweis.

Ну это старая как мир история, я тут ничего нового не скажу вам. При вступлении в гражданство всё делается в Германии по другому закону, основа там - ваше СОР, в нём указано ваше отчество.

каким образом? В том же уведомлении о наличии ВНЖ в МВД РФ отправляли копию карты без отчества. Если оформлять в будущем загранпаспорт РФ, нужно ли вообще показывать немецкие документы?

Конечно никаким российским силовым структурам вовсе не нужны ваши немецкие документы. Проблемы уже возникали и могут возникать при пересечении границы скажем на автомобиле (я знаю такие случаи, они реальны), в России недавно принят новый закон об однообразии имён в документах или как то так, поэтому на кого нарвёшься. Если российский пограничник увидит разницу в документе российском и немецком, на границе могут быть проблемы, во всяком случае если по земле заезжать. Пару людей отправили обратно, они летели самолётом потом. На моё запрос по этой теме на официальном телеграм канале российского посольства в Берлине мне был ответ такой дан: приводите все документы к однообразному виду, во избежании проблем.