предполагаю, что Вы сами им сказали об отказе от отчества и затем по их просьбе принесли эту справку, невзирая на то, что у них на достаточно видном месте указано:
11 декабря 2023 г. вступил в силу Федеральный закон от 13 июня 2023 г. № 212-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию». Согласно данному Закону загранпаспорт становится недействительным по истечении шести месяцев с момента изменения владельцем паспорта в установленном порядке фамилии, имени, отчества, сведений о дате и месте рождения, пола.

Вы мне хотите объяснить, что я сделал неправильно, и надо было по-другому?

Конечно сам принес - в списке документов на выход четко сказано:
В случае изменения заявителем своей фамилии, имени или отказа от отчества представляются все документы, связанные с переменой фамилии, имени или отказа от отчества: свидетельство о перемене фамилии, имени, или отчества (российское или немецкое, заверенное штампом «апостиль» и переведенное на русский язык)

Было бы интересно услышать рассказ того, кто придет с немецкими документами без отчества и без такой справки. Думаю, на основании всё этого же закона попросят привести российские и немецкие документы в соответствие - поменять либо загран (убрать отчество), либо немецкий пасспорт (добавить отчество).