Вы уверены, что "немецкие"? как сильно они отличаются от транслитерированных "русских"?

Не очень сильно, но отличаются: в фамилии есть буква "ч", которую они написали на немецкий манер "tsch", а не "ch"

как консульский работник мог догадаться об отсутствии у Вас отчества, если оно в немецкий паспорт до недавнего времени не ставилось, даже если оно имеется?

Когда я принимал немецкое гражданство в мой первый (временный) паспорт внесли имя как они стояли в российских документах: с буквой "ch" в фамилии и отчеством, как вторым именем - примерно как "Ivan Fedorovich". Поэтому я менял имя и отказывался от отчества

я правильно понимаю, что на проверку гражданства Вас послали после предъявления справки об отказе от отчества?

Да, как-то так. С ссылкой на Федеральный закон от 13 июня 2023 г. № 212-ФЗ : имя в Германии меняли, загран недействительный, прошло более 6 месяцев - нужна проврка гражданства
При достаточно новом российском загране...