какой наиболее рациональный вариант для меня – убрать или оставить отчество в паспорте?

Какой вариант подходит Вам, решать Вам.
В Германии в случае отказа от отчества выдается соответствующая справка. Есть неоднократный личный опыт использования такой справки в Петербурге. Чтобы после оформлять разные российские документы, надо было поставить на немецкую справку о перемене ФИО апостиль и сделать перевод (мы делали нотариально заверенный перевод непосредственно в России/СПб). После этого никаких проблем не было ни с получением повторных СОР и СОБ, ни с вступлением в наследство, ни с переоформлением/продажей недвижимости.

Не знаю, возможно ли это в Австрии, а в Германии после получения немецкого гражданства можно также сходить в Standesamt и сделать Nachbeurkundung иностранных СОР и СОБ новоиспеченного немца. В этом случае оформляются немецкие актовые записи о рождении и браке на основании соответствующих российских документов с апостилем, после этого для немецких властей всегда можно будет взять новую выписку уже в немецком Standesamt, не обращаясь в Россию, это будут совершенно полноценные немецкие Geburtsurkunde und Heiratsurkunde (Eheurkunde).