Это может быть правильно только в случае, если "призванный на военную службу" = военнослужащий, так как инструкция, на которую вы ссылались, применяется только к военнослужащим и персоналу ВС РФ - это сказано в ее названии и обсуждавшихся подпунктах. В противном случае "призванному на военную службу" лишь нужно передать паспорт на хранение, а санкции за неисполнение не указаны. Найдем точную формулировку состояния "быть призванным" - сможем понять что-то дальше.

а) инструкция, на которую я сослался, может быть уже давно изменена.

б) положение призванных на военную службу, может определяться другой секретной инструкцией.

факт заключается в том, что существует по крайней мере одна секретная инструкция, которая предписывает в случае непередачи паспорта на "хранение" обратиться в "компетентные органы" с просьбой об объявлении паспорта недействительным. и уверен, что у этих "компетентных органов" есть своя секретная инструкция, предписывающая в случае подобных обращений объявлять паспорт недействительным и оповещать об этом все государственные учреждения, где этот паспорт может быть предъявлен.