а как можно без изъятия осуществить "передачу на хранение до истечения срока временного ограничения в государственный орган, осуществивший выдачу паспорта"?

Видимо, имеется в виду добровольная передача. Если передача недобровольная - это изъятие, а оно предусмотрено только подпунктами 3-5 статьи 15. Если изъятие происходит при тех подпунктах, где предусмотрена только передача - звучит как нарушение закона. Непередача тоже звучит как нарушение закона, но санкции за нее есть только в новых поправках в виде основания для аннулирования (и то только при непередаче при наличии ограничений по статье 15 подпункт 1, т.е. наличие гостайны).

В пользу моей гипотезы говорит то, что в конце статье 18 указан список органов, способных изъять паспорт. А передача должна быть "в государственный орган, осуществивший выдачу паспорта". То есть, если передавать паспорт, подлежащий передаче, в окошко консульства, которое паспорт выпустило - это может быть расценено как добровольная передача и паспорт там останется на хранении. Следовательно, чтобы не было "добровольно-принудительной" передачи, по закону нужно идти с паспортом в любое другое консульство, кроме того что выпустило документ.