должно, да.
но как тогда отобрать действительный паспорт?

Своими доводами вы пытаетесь нормализовать обман со стороны государства. Одно дело, что вы ссылок на законы, описывающие такую процедуру не приводите (либо эти законы еще не в силе, а ваша "вместо его паспорта" из статьи 11 - не в счёт, это чисто ваша спекуляция. вы сами давали ссылку на медузу на не вступивший в силу закон, где прямо прописаны основания аннулирования и/или изъятия).

Другое дело, даже если пофиг на описанные законы, говорить что нормально давать одобрение на выпуск паспорта чисто ради того, чтобы заманить человека в консульство и отобрать паспорт - противоречит базовому пониманию этики и соблюдения правомерности отношений человека с государством. Почему нельзя сказать - нет, это неправильно, государство должно обеспечить прозрачность в информировании граждан об их обязанностях и последствиях их неисполнения, сделать для этого подходящие инструменты и правовую базу? Мы все понимаем, что РФ творит беспредел, но сидя в Германии говорить что это нормально - подрывает доверие, создает впечатление что вы в голове так и остались в России и не разделяете европейские ценности. Даже если остались, не позорьте, пожалуйста, форум таким бредом, чтобы у прохожего не было впечатления что это мнение разделяют другие граждане.