Поскольку у нас здесь, кажется, до сих пор отчество пишут в немецкие паспорта, если от него не отказаться, опыта в таком вопросе у меня, можно сказать, нет.
Пожалуй, помню только один случай, уже весьма давно, когда человек из северной Германии в каком-то курортном городе в России (Анапе?) столкнулся с проблемами подобного плана, что-то ему там не выдавали или не разрешали продавать, поскольку местному дотошному чиновнику не было понятно, куда делось отчество. Тогда ему помогла какая-то выписка из Personenregister (название документа не помню, это было слишком давно, но там были все личные данные, включая ФИО, а также данные актуального Reisepass (номер, срок действия). На эту бумагу был поставлен апостиль. Не уверена даже, что та бумага была стандартная. Возможно, иногда проще отказаться от отчества и получить стандартную Bescheinigung über die Namensänderung c апостилем.

Или в РФ отсутствиe отчества в иностранных документах не вызывает вопросов, т.к. полностью совпадает с тем, что обычно пишут в российских загранах: кириллицей - есть отчество, латиницей - нету?

Наверно, может и такое быть. У меня нет информации, поэтому лучше спросить у кого-то, кто знает точно. Хотя мне кажется, что в каждом конкретном случае может играть роль и человеческий фактор: одного чиновника отсутствие отчества может заинтересовать, а другого нет.