У меня такая же проблема. После многочисленных запросов я выяснила, что внутр. паспорт можно поменять только в россии по месту жительства (по месту регистрации). При этом нужно иметь международное свидетельство о браке (Auszug aus dem Heiratseintrag) с апостилем, а также перевод этого свидетельства и апостиля на русский язык (перевод должен быть заверен в консульстве). Вот с этим переведенным и заверенным свидетельством (с апостилем) и нужно идти по месту регистрации (прописки) в России и менять внутр.паспорт.
По поводу замены загранпаспорта я выяснила, что это можно сделать и в консульстве: если вы зарегистрированны в России, то обмен паспорта затянется на 6 месяцев (и дольше). Если вы стоите на учете в консульстве, то будет быстрее. Для того, чтобы встать на учет в консульстве, нужно выписаться из России.
Только я не поняла, если у Вас есть ПМЖ, то вы УЖЕ должны быть выписаны из России и стоять на учете в консульстве. Тогда внутр.паспорт Вам не нужен. Об этом говориться в разделе "Дополнительная информация" на сайте Боннского консульства.