возможно оштрафуют

Штрафа (денежного) за запоздалое оформление внутреннего паспорта не будет, максимум предупреждение. А вот за пересечение гражданином Украины государственной границы Украины не по украинским документам/паспорту штраф вполне может быть.

1. что будет если я не оформлю Украинские паспорта своему сыну, который имеет немецкое и украинское гражданство?
2. Какие последствия это будет иметь для него и меня в будущем.? ( в ближайшем будущем собираюсь делать штамп пмж и в консульстве буду не раз)

Ничего, если сын не собирается ездить в Украину и не собирается прекращать своё гражданство Украины. Впрочем, не исключено, что наличие гражданства Украины всплывёт в будущем в самом неожиданном месте (например, захочет дитя пойти на госслужбу или что-то в этом роде). Вот тогда все круги ада с оформлением приобретения гражданства Украины, паспорта, украинского разрешения на ПМЖ и выхода из гражданства и придётся пройти. Поэтому если отец так против связей чада с Украиной, логичнее было бы оформить выход из гражданства Украины сейчас, пока оно несовершеннолетнее, чтобы в будущем не трястись от каждого шороха в Украине.

Лично для Вас юридических последствий неоформление гражданства Украины своему сыну иметь не будет.