Вопрос такой нужно ли мне когда я получу разрешение на пмж (мне сказали это будет в течение 6 месяцев) и подам документы на выход из укр гражданства указывать новорожденного или для упрощения можно ничего и не указывать?

Как хотите. Можете указывать, можете не указывать. Это должно быть только ваше личное решение, никто на него повлиять не может. В смысле, пытаться повлиять, советовать и т.д. могут все, кому не лень, но решать все равно вам и только вам. Больше некому.

С Украиной для нас все покончено и в украинском гражданстве для меня и моего ребенка я не заинтересован.

Причем здесь вы и ваша заинтересованность? Подумайте о своем будущем ребенке. Зачем ему ограничивать возможности? Ваш ребенок, в отличие от вас, всю свою жизнь сможет быть гражданином сразу двух государств. Вы хотите лишить его возможности выбора?

Но читая разные форумы мы с женой задаемся вопросом не возникнет ли у ребенка в будущем проблем и не нужно ли будет ему (ребенку) проходить ту же самую волокиту по выходу из укр гражданства

Не перекладывайте надуманные проблемы со своей больной головы на его здоровую. Ваши проблемы будут ему неведомы. Если он/она не захочет, то может и не выходить ни из украинского гражданства, ни из немецкого.

ребенок имеющий одного из родителей гражданина украины автоматически становится украинцем

Автоматически стать украинцем он сможет только этническим, если родится от украинца (не обязательно, при этом, гражданина Украины). А для того, чтобы он приобрел гражданство Украины по рождению, вы должны подать соответствующее заявление в украинское консульство.

Вот как раз этого мы и хотим избежать!

Ну, так не подавайте никаких заявлений. Тем самым и избежите того, чего хотите избежать.