Значит не будет нарушаться законодательство Украины, если не оформлять гражданство и возить детей туда как немецких граждан?

Действующее в настоящее время, не будет. Если не нарушать его специально, например оставаясь там свыше установленного срока, без визы.

Даже если едет одна мама украинка с детьми немецкими гражданами?

В таком раскладе нет ничего необычного. Это довольно нередкая ситуация. Особенно в летне-отпускной период. Вот одного папу с детьми встретить, это да, редкость. А мама одна с детьми-иностранцами, среди которых еще и папа затесался, тот же ребенок только повзрослее, это сплошь и рядом.

Могут ли украинские чиновники отказаться рассматривать детей как немецких граждан и требовать оформление им гражданства?

Отказаться рассматривать могут после того как будет оформлено приобретение детьми гражданства Украины, а требовать оформления приобретения гражданства Украины детьми-иностранцами не могут. Нет у них таких прав. И нет права отказать в оформлении приобретения гражданства Украины, если вы обратитесь с заявлением об этом в соответствующее ведомство.