а если по приезду в Германию человек не отказывался от казахского гражданства, стоит подавать на наличие гражданства РФ?

Эммм... не уловила суть вопроса. Как гражданство РК связано с гражданством РФ?

Нам постоянно говорят в Einwohnermeldeamt, что у мужа еще одно гражданство есть.

Мало ли, что они говорят! Они компетентны (и то не всегда) только в вопросах немецкого гражданства, а в вопросах российского, казахского и пр. совсем нет. Будут говорить, что есть другое гражданство, потребуйте у них документ основание для этого заявления.

А в Бонне меня спросили, если он может подтвердить факт постоянной регистрации на 6 февраля 1992 года и не отказывался от гражданства, то приезжать. Я чего не понимаю, как он может иметь гражданство РФ, если он жил в Казахстане, все его родственники жили в Омске раньше, они паспорта РФ получили и это понятно.

Наличие гражданства и место проживания - не одно и то же. Можно иметь российское гражданство, но жить в Казахстане. И наоборот. Если в России имелась прописка на 06.02.1992, то должно быть и российское гражданство.