Я, например, выписывался по почте. Без проблем (СПб). ФМС сняла с учета через три дня после получения письма. Все по регламенту. Детей, правда, так выписывать не пробовал.

Подтверждали Вы подпись в консульстве или у немецкого нотариуса? Как и когда Вы узнали, что Вас выписали?

Заверял в консульстве. Отправлял DHL Express с вручением под роспись в мой территориальный отдел ФМС (дошло кстати, за 18 часов :)). От ФМС никакого подтверждения не было (да и не обязано быть). Узнал что меня выписали когда родственники взяли Форму 9 (справку о регистрации) на квартиру. Там про меня было указано "снят с рег. учета такого-то числа, выезд Германия". Штамп в паспорте и адресный листок убытия получил уже позже (через 7 месяцев) и лично, когда был в Питере и нашлось время зайти в паспортный стол. Кстати, по опыту участников форума Форма 9, как подтверждение выписки из РФ, тоже принимается консульствами при выходе из гражданства.