А зачем ему подтверждать то,что у него нет и ни когда не было.

Было или не было ЕВН ТС достоверно не известно, почему оно и требует принести соответствующую справку, т.к. существует подозрение, что ТС мог приобрести и гражданство РФ.

Но чисто логически получается,что человек должен сначала выйти из одного гражданства, предоставить документ и получить новое гражданство.

Это лишь один из способов приобретения гражданства. Втречный пример - приобретение гражданства РФ жителями Автоноймной Республики Крым после присоединения к РФ происходило без выхода из гражданства Украины. Кстати, не удивлюсь, если по той же причиние в будущем и у граждан Украины, и у граждан РФ, проживающих в Германии, будут требовать справку об отсутствии у них гражданства РФ/Украины (соответственно) при натурализации в Германии. Однако, это уже иная история.

На сколько мне известно Украина не признает 2 гражданства.

Не признаёт, но как это влияет на то, что гражданин Украины может обладать несколькими гражданствами одновременно?