Пойдем в обход военкомата паспорт получать и сниматься с регистрации, а к ним только сниматься с военного учета, когда регистрации не будет.

Так я не понял, сын состоит на воинском учете или нет? Если он никогда не становился на учет, то и в военкомат вам не надо. Они сами узнают о выписке по межведомственным каналам и забудут про вас. А вот если состоял, то лучше сняться (но уже после выписки). В принципе, даже без формального снятия, не без прописки военкомат про вас скорее всего фактически забудет, но такая ситуация будет являться нарушением правил учета с угрозой штрафа.

Вообще, с воинского учета положено сниматься при выезде за границу на срок дольше 6 месяцев, в противном случае это нарушение закона. Другое дело, что ответственность за это пока мизерная (500 рублей). Но это пока. Все время появляются драконовские законопроекты для призывников, вплоть до обязательной явки без повесток и уголовки при неявке. Или штрафы за нарушения учета увеличить в десятки раз и т.п. Так что и вам и сыну спокойнее будет не иметь воинского учета.

Впрочем, на возможность выхода из гражданства РФ наличие/отсутствие воинского учета не влияет. Важно только отсутствие прописки.