Это очень странный случай. В Петербурге, например, любую немецкую страховку для гостей в немецком консульстве запросто принимают в виде копии/распечатки. Кроме того, никаких "оригиналов" у немецких страховок, как правило, и вообще нет, всё давным-давно делается в цифровом виде.

У Вас на руках письменный отказ? Или у Вас просто не приняли документы?

Кто дальше обрабатывает доки? помошники консула/сам консул?

Начальник визового отдела (обычно он вице-консул) проверяет и ставит свою подпись на каждой визовой анкете, без этого не выдается ни одна виза.

Если письменного отказа нет, то для начала напишите email начальнику визового отдела, поскольку Вам отказал в первичном приеме документов именно его подчиненный. Очень возможно, что вопрос решится уже на этом уровне.

Если письменный отказ есть, причем в нем указано, что отказано из-за отсутствия оригинала немецкой страховки, то пишите в Auswärtiges Amt.