Гражданство РФ, согласно законодательству определяется по наличию, паспорта или иного документа с пометкой о наличии гражданства. Список, что туда относится можно найти. По факту если загран. паспорт просрочен, то делается проверка о наличии гражданства. Насколько я понимаю, паспорта у ребенка нет. Вопрос есть ли отметка в свидетельстве о рождении. Технически она должна быть аннулированна.
Вообще вы создали проблему, с точки зрения закона, ребенок не может остаться гражданином РФ если из гражданства выходит последний родитель.

Что можно сделать:
1) Запросить информацию о гражданстве (если в свидетельстве о рождении стоит отметка о гражданстве) , в зависимости от результата либо получить справку о том, что гражданства нет. И делать эту проверку каждый раз при запросе визы. Если придет ответ - есть, то все усложняется. Я не знаю процедуры получения российского загран. паспорта по немецким документам родителей и не знаю процедуру выхода из гражданства по ним же для ребенка.

2) Если отметки в свид. о рождении нет (нем. свидетельство) , то подать документы вместе со своими немецкими и немецким загран паспортом ребенка не заикатся о полученном ранее российском. Как вариант получить копию свидетельства о рождении повторно. Я оставлю правовую сторону вопроса за рамками этого варианта - закон уже и так нарушен.

С моей токи зрения вариант 2 более реалистичен.