переживаю, что мне откажут выдать новый паспорт, т.к. ранее жила в Германии, имею два гражданства и там же получила свой загранпаспорт.

Это не основания для отказа в оформлении и выдаче ни паспорта, ни загранпаспорта. На территории РФ вы только гражданка РФ, даже если у вас есть еще с десяток других разных гражданств.

Могут ли появиться проблемы?

Какие?

И должна я оповестить консульство в Германии, что вышла замуж в России и у меня фамилия поменялась?

Нет, не должны. Когда будете жить в Германии и обратитесь туда за какой-нибудь надобностью, тогда и оповестите.

Но если когда родится ребёнок, я так понимаю, он будет являться гражданином Германии?

Да. По рождению. Так же, как и гражданином России.

Смогу ли я ему сделать Ausweis? То есть Reisepass?

Да. И то и другое сможете.

Получается ему его выдадут на мою девечью фамилию?

На какую закажете и подтвердите ее документами, на такую и оформят.

Мне надо оповестить ЗАГс в Германии, что состою в браке?

Нет, оповестите об этом консульский отдел немецкого посольства, когда будете туда обращаться.