потому как я буду числится еще и гражданином ФРГ

Едете, оформляете гражданство ФРГ, после оформление обращаетесь в консульство РК для оформления утери. После у Вас остается только гражданство ФРГ - у матросов нет вопросов.

Нужно брать справку об утрате гражданства, а она не дается, если у меня нету печати на ПМЖ

Можете пояснить вот это, потому как звучит не логично. Законом предусмотрена утеря гражданства РК, при приобретении другого. Вам не могут не оформить утерю, т.к. законс же ж.

upd. Да, нашла.

Утрата гражданства Республики Казахстан регистрируется только при наличии в паспорте печати МВД РК о разрешении на выезд на ПМЖ в ФРГ, либо консульского учета!

С одной стороны не логично, т.к. человек потерял гражданство, с другой логично, т.к. гарантия отсутствия долгов перед "родиной".

Вопрос следующий:

В случае отсутствия вышеуказанных печатей, Вам следует подать в соответствующее консульское учреждение РК в ФРГ документы на получение разрешения на выезд на ПМЖ в ФРГ!

Как функционирует оформление ПМЖ в Германии? Возможно таким образом Вас "снимут" с учета в военкомате удаленно?