В Питере МФЦ не снимают с учета. Только территориальный отдел ФМС (паспортный стол) по месту жительства. Надо заполнить заявление о снятии регистрационного учета (форма кем-то выкладывалась на форуме, если надо пишите в личку) и заверить подпись у нотариуса в российском Консульстве. Потом отправляете это заявление _по_почте_ из Германии в отдел ФМС по месту жительства (важно не перепутать адрес, укажите на конверте "Регистрационный учет") и вас снимут с учета в трехдевный срок после получения заявления. Такая процедура прописана в административном регламенте: важно чтобы это быть именно "почтовое отправление из страны проживания". К заявлению прикладываете адресный листок убытия. Паспорт, естественно, посылать никуда не надо. При следующем посещении Питера идете в ФМС и ставите штамп во внутренний паспорт о выписке и забираете оформленный листок убытия. Такие разъяснения я получил от питерского ФМС в официальном ответе на обращение.
Снятие с учета по доверенности регламентом не предусмотрено (но и не запрещено) поэтому в данном случае все решается "на местах". У кого-то получается, у кого-то нет.
P.S. Перечитал ответ ФМС на обращение. Сказано что отметка о выписке проставляется во внутрениий паспорт "в день предъявления оригинала паспорта в орган регистрационного учета". Т.е. ничего про личную явку. По всей видимости, если заявление о снятии с учета было отправлено в ФМС по почте из-за границы, то проставить штамп о выписке и забрать листок убытия могут и родственники по доверенности.