Мне приходит в голову только одна причина: для сохранения первичного СОР, если ЗАГС на старое СОР апостиль не ставит, а повторное выдает только при условии сдачи старого, если видит, что старое свидетельство имеется. Собственно, это не моя "гениальная идея", я такое видела очень много лет назад в Питере у выезжающих по ЕИ: у них при подаче документов требовали а) СОР с апостилем (все равно, на первичном или на повторном СОР) и б) первичное СОР (хоть с апостилем, хоть без). Районные ЗАГСы часто выпендривались и хотели изымать первичные СОР при выдаче повторных, вот люди и "теряли" старые, получали новые, ставили на них апостиль, а потом подавали в консульство документы с двумя СОР.
У меня, кстати, тоже 2 СОР и 2 СОБ, хотя к ЕИ я никакого отношения не имею: в свое время перед отъездом в Германию в ЗАГСе сказали, что не могут поставить апостиль на первичные документы, надо выписывать повтроные и ставить апостили на них.
Если ТС поставят апостиль на старое СОР, то "терять" его ни к чему.