Кстати, интересный вопрос, есть ощущение некоторого бардака в этом вопросе. Специально вечером посмотрел на сайте ближайшего консульства (Лейпциг) - там указано, что для постановки на учет необходимо предоставить в числе прочего "3. Внутренний паспорт гражданина России с отметкой о снятии с регистрационного учета в России + листок убытия (копии этих документов)."
Однако на сайте посольства информация отличается (http://russische-botschaft.de/ru/konsulskii-otdel/konsulskii-uchet-grazhdan-rf/uchet-grazhdan-rossiiskoi-federacii-nakhodjashchikhsja-za-predelami-territorii-rossiiskoi-federacii.html):
Граждане Российской Федерации, находящиеся за пределами Российской Федерации, вправе встать на учёт в дипломатическом представительстве или консульском учреждении.
Постановка российского гражданина на учёт в загранучреждении является сугубо добровольной, и осуществляется по его желанию вне зависимости от цели и срока пребывания за рубежом. Каких-либо ограничений для постановки россиянина на учёт действующим законодательством не установлено. При этом факт постановки на учёт либо отсутствие таковой не порождают для гражданина каких-либо правовых последствий.
На сайте мюнхенского консульства приведена аналогичная информация, так что странно, что Вам отказали. Возможно, с того времени их позиция поменялась