Мне тут вот что подумалось. В перечне доументов, необходимых для получения загранпаспорта (п. 2.7 Порядка), имеется такой пункт:

Немецкий паспорт не попадает под определение документа, который даёт право временного проживания в Германии. Таким образом, его и предъявлять не нужно.
"Документ (відмітка в паспорті), що підтверджує постійне проживання за кордоном", т.е. печать о ПМЖ в Германии - даже если она у Вас и была в старом загранпаспорте - Вы также не можете предъявить, поскольку она стоит в уже недействительном загранпаспорте.
Остаётся только последний пункт - "документ [...], що підтверджує [...] факт [тимчасового] проживання на території держави не менше шести місяців на момент подачі заяви-анкети на оформлення паспорта громадянина України для виїзду за кордон", то есть, например, Meldebescheinigung. Можно, конечно, спорить о том, что одной прописки в Германии недостаточно для доказательства пребывания в ней, но мне сейчас ничего другого не приходит в голову.
Исходя из вышеизложенного, обращаться в консульство за разъяснением насчёт немецкого паспорта нет смысла. Потому просто получите в Вашем Bürgerbüro/Meldeamt'e Meldebestätigung и прихватите её вместе с распечаткой упомянутого Порядка при поездке в консульство для оформления нового загранпаспорта.