Вот что я нашла на сайте российского консульства в Бонне ( особ.см. последн. абзац) :
________________________________________________________________________________________
Порядок и инструкция по оформлению документов на новый заграничный паспорт гражданам Российской Федерации, временно находящимся в ФРГ
Право на подачу ходатайства об оформлении нового загранпаспорта в Генеральном консульстве Российской Федерации в г. Бонне имеют граждане России, временно проживающие (пребывающие) в ФРГ на территории его консульского округа, зарегистрированные по месту постоянного проживания на территории Российской Федерации и имеющие разрешение от немецких властей на проживание в ФРГ на срок не менее 6 месяцев. Консульский сбор за оформление и выдачу загранпаспорта составляет 175 (в случае утери паспорта - 230) ┬.
Все документы заполняются машинописным способом либо аккуратным почерком черными чернилами четко от руки без исправлений, направляются по почте или передаются в окно ╧ 4 при личном посещении Генерального консульства. Неполный или неправильно заполненный комплект документов отсылается обратно.
!!!!!!!!!!! Внимание: просьба учитывать, что обмен загранпаспорта по браку на новую фамилию гражданам, находящимся в частной поездке в ФРГ, Консульство производит тем гражданам России, которые предварительно обменяли общегражданский внутренний паспорт в паспортном столе по месту регистрационного учета. Основанием для обмена документов служит легализованный апостилем и переведенный на русский язык сертификат о браке ("Auszug aus dem Heiratseintrag"), заверенный в Генконсульстве в отделе нотариата (окно ╧ 2, 2-й этаж).
_______________________________________________________________________________________
Т.е., насколько я понимаю,тот вариант, который Вы предлагаете, возможен: обменять внутренний паспорт в России, а загран- в Германии через консульство. Но, чтобы быть уверенным на 100%, наверное, лучше задать этот вопрос консульству по е-майл или телефону. Удачи!