дело не стоит выеденного яйца.
ваш сын пишет в военкомат (в областной, копию в свой районный) заявление в котором указывает, что
1. он такого-то числа выехал из РФ в ФРГ для постоянного проживания и такого-то числа приобрёл гражданство ФРГ.
2. с такого-то числа постоянно проживает по такому-то адресу в ФРГ.
в соответствии с ГК РФ местом жительства гражданина является место, где он постоянно или преимущественно проживает.
3. приложите справку (Anmeldebescheinigung) и сами сделайте незаверенный перевод.
4. так же указать, что, поскольку органы опеки неправомерно отказали в своём согласии на снятие его с регистрационного учёта, он не смог это сделать.
5. законодательство РФ не содержит каких-либо ограничений в плане выезда на ПМЖ лица, которое прописано в РФ.
6. наличие или отсутствие прописки не может служить основанием для ограничения каких-либо прав гражданина.
7. из всего этого делается вывод, что ваш сын живёт постоянно в ФРГ и просит снять его с воинского учёта в РФ.
зы. ntli как всегда имеет некоторые проблемы с тем, что её представления отличаются от реальности, особенно в глубинке.
ездить и тратить деньги я бы не советовал..