А Вы с таким же успехом могли консультироваться у в немецких амтах, как в консульстве - некомпетентны они и не в их это компетенции.
Все вопросы регистрационного учёта в ведении исключительно ФМС РФ, консульства же являются органами МИД РФ, до недавнего времени, они исключительно принимали документы для снятия с учёта в органах ФМС на территории, но не исполняли функцию регистрационного учёта. После того как консульства перестали принимать документы, я получила разъяснения от от консульства (в письменной форме), где говориться что регистрационный учёт на территории РФ не находится в компетенции консульских учреждений РФ и все вопросы касательно регистрационного учёта нужно адресовать в ФМС.
ФМС (бывший ОВИР) не даёт Вам разрешение на выезд - таковым является Ваш загранпаспорт, если загранпаспорт на руках, то выезд из РФ Вам уже разрешен - никаких дополнительных документов не нужно получать.

В ФМС тоже достастаточно неграмотных паспортисток.
Но требовать они могут то, что прописано в НПА РФ - там нет никаких требований от военкомата и т.д.
Любой отказ должен быть зафиксирован письменно - говорильня никому не нужна, как показывает многочисленный опыт, писать отказ не торопится чиновник любого уровня, так как отказ может быть подтвержден только ссылкой на параграф НПА.
Как только Вы попросите отказ в письменной форме, чиновник примет у Вас документы - проверенно личным опытом неоднократно.
Если Вам лично нравится прясать под дудку местной паспортистки, требующей у Вас неустановленные законом документы - это не значит, что Вы пример для подражания...
Очень рекомендую у чиновников любого уровня получать консультации и отказы только в письменной форме .
Это касается как российских так и немецких чиновников.