Ну, на сайтах консульств, к сожалению, много устаревшей информации. Кроме того, основную массу выезжающих в Германию, вероятно, составляют этнические немцы и евреи, а они оформляют выезд на ПМЖ с тем самым штампом в загранпаспорте. Может быть, консульства ориентируются на их документы, опубликовывая списки необходимых документов на своих страницах... не знаю. Во всяком случае, встать на КУ можно без штампа на ПМЖ в загранпаспорте.
Вы можете спросить в паспортном столе и сейчас, что им нужно для выписки в Германию. У меня потребовали только личное заявление и внутренний паспорт, да еще подтверждение из бухгалтерии, что долгов за квартирой не числится. Выписали ровно за неделю без походов в ФМС/ОВИР.
Сами штам из ФМС лучше не упоминайте - если им нужно, они сами первые про него скажут. Как уже неоднократно писали здесь на форуме, в некоторых городах выписывают за границу без проблем, а в некоторых без оформления ПМЖ отказываются. Удачи Вам с Вашим паспортным столом!