Боюсь, что основная проблема у Вас будет тогда, когда Вы будете возвращаться в Германию. При выезде из Германии разрешение второго родителя никого не интересует, а вот при выезде из России пограничники практически всегда дотошно проверяют. И как я понимаю, если в свидетельстве о рождении ребенка стоит конкретный отец, то будут требовать разрешение от него, либо какой-то документ, что отец отсутствует (например, что его местожительства неизвестно).
Я думаю, что в любом случае Вам надо проконсультироваться в российской пограничной службе, чтобы потом не иметь нервотрепки при выезде. Так как в законе о выезде и въезде в Россию стоит четко, что для выезда ребенка необходимо разрешение второго родителя. И то , что Вы въехали с этим ребенком без разрешения никого не интересует.
Как пример. Я была 2 недели в России и в аэропорту при возвращении в Германию, российская пограничница, глядя задумчиво на мой обратный билет и паспорт с ВНЖ, спросила: "Цель Вашей поездки в Германию?". Так что рассчитывать на логику пограничной службы мне кажется не стоит, лучше запастись нужными бумагами.
Удачи.