Я ситуацию понимаю так.
То, что Вы "вправе встать на конс. учет" означает только то, что Вы НЕ обязаны этого делать и можете жить на территории Германии без такого учета. Раньше гр. России обязаны были вставать на конс. учет, как и гр., например, Украины теперь.
Далее, это Ваше право встать на учет не означает, что Вас консульство обязано "учесть" при неснятии с регистрации в России.
Знаю случаи, когда при отсутствии штампа о снятии с регистрации в ОЗП конс-во его "заворачивало".
С др. стороны, консульство само может позаботиться (по Вашей письменной просьбе) о снятии Вас с регистрации в России. Для этого Вам выезжать в Россию самой будет не нужно. В этом случае, как и при обычной выписке из квартиры, Вас смогут поставить на конс. учет.
При этом в ОЗП ставится соотв. штамп "принят на учет на постоянное место жительства"...
На этом же сайте год назад был описан случай, когда и при неснятии с регистрации человека на конс. учет поставили, но об этом факте выдали справку, а не отметили его штампом в паспорте (случай помню, но сама такой факт гарантированно свидетельствовать, конечно же, не могу, так как это было не со мной).
Успехов!