Это бывает не так часто, чтобы поставили в паспорт штамп и оставили на руках ЛУ. И это скорее забывчивость сотрудника ОВИР /ФМС, но от нее гражданину ничего плохого и это не его проблема.
Как правило ЛУ на руках у тех, кто выписался на выезд за рубеж, уже имея действующий загран и не оформлял загран специально для выезда на ПМЖ за рубеж. У таких граждан штамп как правило не стоит, и тогда ЛУ как бы его заменяет. А штамп "Для проживания за границей" по классической процедуре ставится в совсем новый загран, который гражданину оформляется именно для выезда на ПМЖ.
Короче, никаких доплат, никаких сервис-бюро, никаких "поплакаться". У Вас абсолютно соблюдена буква закона и даже сама внутренняя консульская инструкция. Это подтверждается десятками сайтов других российских консульств, где написано то же, что и в Берлине. Наезжайте на них с полной уверенностью в своей правоте и при при первом же отказе пишите на имя генконсула, желательно с указанием фамилии отказавшего сотрудника. По закону должны дать письменный ответ в срок 30 дней. Если снова откажут, то будет уже письменный отказ. Если так или вообще не ответят - пишите еще выше: на посла в Берлине или на Директора консульского департамента МИД или министра.
По части оплаты. Если Вы сначала оплатили, а потом подали документы (боюсь, что это именно так, а ведь заранее платить никогда не следует) и вам отказали, то это одно дело. Если же Вы заплатили по квитанции, которую Вам выписал консул, то Ваши позиции еще сильнее: за что тогда консульство взяло деньги? Косвенно подтверждает, что Вы выполнили требования, необходимые для постановки на учет, раз Вам консульство выписало квитанцию об оплате.