Вот у нас почти такая же проблема. Мы выезжали с паспортом СССР. 9 лет мы граждане Германии, но на нас висит украинское гражданство. С прошлого года мы безуспешно пытаемся избавиться от двойного гражданства. В Ратхаузе в компъютере напротив наших фамилий стоит два кружочка - в одном немецкий флажок, в другом украинский. Так же это зафиксировано в компъютерах на границе. Сейчас рассматривается вопрос о введении визового режима для приезжающих из стран ЕС. Украина прикрывает безвизовый въезд. Поэтому, въехав на Украину, будучи украинской гражданкой, необходимо иметь украинский паспорт, т.к. могут не выпустить назад. Такие случаи есть и немецкое Посольство не может помочь, т.к. вы являетесь и гражданами Украины. На Украине двойное гражданство уголовнонаказуемо.
У нас вообще непонятное положение. У нас никогда не было национальных украинских паспортов, т.к. мы имели паспорта СССР. Нам необходимо получить только справку об утрате украинского гражданства. А это гражданство повисло на нас по той простой причине, что мы родились на Украине. Вот такие дурацкие у них законы. Нам тоже нужно поехать на Украину, но пока мы не избавимся от этого счастья, ехать опасно. Конечно можно случайно проскочить, но можно и застрять на границе. А, если будет введен визовый режим, то в Посольстве Украины въездную визу вам не выдадут на немецкий паспорт, т.к. на вас висит просроченный украинский паспорт. Вот такая ерунда получается.