Вы отличаете в своей ссылке фразу "Граждане, пребывающие за пределами РФ" и как если бы там стояло проживающие?
Лучше почитайте сам закон, эта фраза про две недели относится к другому случаю, а именно когда гражданин выезжает на срок более 6 мес. за пределы РФ. Тогда его снимают с воинского уч╦та даже, если он не снялся с регистрационного по месту жительства. А по возвращению в РФ (если у данного гражданина сохранена прописка), то он действительно обязан вновь встать на воинский уч╦т.
Если данный гражданин снялся с регистрационного уч╦та по месту жительства и встал на КУ, то однозначно можно утверждать, что место его постоянного проживания - заграница, т.е. он является постоянно проживающим вне территории РФ.
То, что он решит временно находится в РФ - его сугубо личное дело.
Если военкомат думает не так - суд решит кто прав. Ни одного решения суда на эту тему до сих пор мне не известно. Можете привести, если знаете. И в следующий раз ссылайтесь лучше на закон, а не просто выд╦ргивайте информацию с тематических сайтов.