Только теоретически. Практически, для быстрых внешних накопителей лучше использовать Firewire. Он изначально создавался для подобных целей, тогда как USB - медленный интерфейс для всякой тормозной периферии.

Извините, конечно, но это полный бред. От сертификации самой по себе ничего не зависит. Есть 3 стандарта USB: 1 (существующий только на бумаге), 1.1 (Full Speed) и 2.0 (High Speed). Так, для версии 1.1 (или, что то же, USB 2.0 Full Speed) теоретический максимум 12 Мбит/с, т.е 1.5 Мбайт/с, при этом чисто данные - в пике до 900 Кбайт/с. Для USB 2.0 High Speed максимум - 480 Мбит/с, т.е около 60 Мбайт/с, а скорость передачи собственно данных - порядка 40 Мбайт/с.
В вашем случае обе коробки были USB High Speed. Разница обуславливается конвертером USB-IDE - они тоже бывают разные, и какой контроллер стоит в данной коробке никто, естественно, не указывает. В современных устройствах стоят более быстрые чипы, хотя шанс напороться на медленный чип тоже не мал, даже в продукции именитых компаний.
Еще один минус USB - большая загрузка процессора при передаче данных, чего лишен FW. Кроме того, Firewire обычно не требут дополнительного питания. Поэтому рекоменду брать комбинированные коробки с обоими интерфейсами. Для работы - Firewire, для совместимости USB.
Если кому интересно, могу выложить результаты тестирования чистых интерфейсов USB-IDE и Firewire-IDE для моей 2.5" комби коробки.