Может я что-то непонятно пишу?

вообще то где то так Приходится перечитывать по нескольку раз и потом догадываться что же вы имели вы в виду.

Если я сканирую бумажный документ, то даже, если программа сканиривания запомнит результат с расширением *.pdf,содержание этого файла будет тем не менее в формате *.jpg.

при этом сразу возникает:

https://ru.wikipedia.org/wiki/Portable_Document_Format

https://ru.wikipedia.org/wiki/JPEG

И кажется что ваша программа дуреет невообразимым образом сохраняя jpg формат с расширением pdf

И первый признак этого - нельзя выделить какаию-то часть текста и затем перенести скажем в программу обработки текстов

но вот похоже и разгадка - первое предложение просто ваши соображения. И кстати, совершенно правильные.

Но принцип, то немного другой на самом деле. Можно сказать, что формат PDF - Это просто контейнер в котором может быть и текст и изображения.

Если допустим у меня исходный формат - файл в формате ворд, то записав его в формат ПДФ получим там текст и возможно картинки если они были в исходном документе.

Сканер же может выдавать исключительно изображения вне зависимости от того, что именно сканируется текст или изображение. Поэтому в формате ПДФ после сканирования будут исключительно картинки.

И задача преобразования картинки в исходный документ совсем не тривиальная, особенно если документ создавался дизайнером.

Но можно предположить следующее:

- не указывайте программе сканирования сканировать в формат ПДФ, выберите JPG, его будет более проще исправлять.

- адобе акробату будет всё равно текст или картинка, наложить сверху прямоугольник можно будет. Хотя в последнее время Адобе стараются убрать из бесплатной версии как можно больше функций.

на закрасить можно, нужно вначале выбрать линию затем максимальную ширину и черный цвет. Но есть подозрение что это будет сложно.