поменять Motherboard
- просто прошёлся по самым крупным площадкам - Amazon и прочие и в списках изготовителей MSI не увидел.
Не там ты ищёшь.

не покадает ощущение, что готовый комп оказывается не дороже, сумма частей из которых он собран
Ну так и есть. Когда не можешь собрать, покупаешь готовый из того, что тебе в него впихнули без какого-либо влияния. Можно найти сайты, где можно сборки конфигурировать. Можно заплатить, например на майндфэктори, и тебе соберут из выбранной тобой комплектухи. В любом случае это ограничение конкретным магазином и если у них нет ССД от ВД конкретной модели, то ты берёшь то, что тебе предлагают, т.к. никто в магазине А не будет тебе собирать комп из комплектухи из магазина Б.
Готовый комп это: а) гарантия на весь комп в сборе, в случае проблем, тащи на почту его целиком и отправляй на ремонт, б) риск повреждения при транспортировке, без видеокарты и башенного кулера не так страшно, но риск есть. Если собираешь по частям (если можешь), гарантия на каждый компонент отдельная, меньше рисков, что при транспортировке что-то повредили.