У меня недавно было, выдрал насильно анлокером файлик из папки темп, который посчитал лишним, и при загрузке винды стало вылезать сообщение, что чего-то не хватает. Тут же не вникая восстановил систему. Поэтому делаю вывод, задействованные там файлы лучше не трогать, если КОНКРЕТНО не знаешь, что для чего. Например, можно удалить обновление скайпа, которую он закидывает в папку temp. Всё, что поддаётся удалению оттуда, можно удалять. Прочее лучше не трогать. Кроме того, такая папка на компе не одна. Скрытую папку имеешь в виду appdata в пользователе? А перезагрузка просто отрубает пользование файлов остановленными прогами. Деинсталлятор так и пишет: оставшиеся файлы будут удалены после перезагрузки. Если просто удалить временные файлы от проги, с запуском этой проги они вылезут опять, так что на них лучше плюнуть и забыть. Много места они не занимают.

Касательно мусора от прог и игр, удалять их надо сугубо хорошим деинсталлятором с чисткой реестра. Да, могут от них оставаться какие-то папки с данными, носящими те же имена, что проги. Я запускаю просмотровщик папок и удаляю им ненужное. Он сразу показывает, где занято лишнее место. Например, у меня антивирь откладывает несколько весомых яиц в системе в виде каких-то резервных копий. Остальное делает СС.