Я понимаю что идея очистки реестра классная, но ...
1. реестр это база хранящая неизвестно какие данные различных производителей ПО и потому чистилки ну просто не могут узнавть - что надо, а что нет во всех случаях. Для наглядности пример: чистилка удаляет ключ исходя из того что пути по данному пути не существует - значит, якобы, лишний ключ. В большинстве так оно и есть, но может быть ключ хранить несуществующий путь, что бы в будующем его создать!
2. не думаю, что размер реестра так сильно критичен к скрости системы исходя из того, что сам микрософт рекомендует хранить данные всем разработчикам не где-нибудь - а в реестре, и если бы последние всегда пользовлись этим правом, то реестр состовлял базу из миллиона записей, и того больше, но микрософт это не волнует, значит не критичкно.
3. Нормальные деинсталаяторы удаляют из реестра все сами, если что и остается, то это может быть очень важно при последующей установке и это не значит что эти ключи будут препятсвием при новой установке.
4. Система, времени от времени переустанавливается и соответсвенно обнуляется реестр. Даже если бы это совершалось раз в 10 лет, то реестр бы не набрал критическую массу. С другой стороны, если система проработала 10 лет без переустановки, то можно со всей уверенностью говорить что в системе не слишком часто менялось/добовлялось/обновлялось програмное обеспечение и , следовательно, не слишком то возрос реестр.
Блин, выдохся, но если подумать можно еще кучу причин придумать, почему не стоит "пылесосить реестр"