Тогда TrueCrypt - самое оно.
Вам остается выбрать - шифровать ли флешку как устройство или создать на ней шифрованный файл.
В первом случае она будет видеться из Windows как неформатированное устройство (и вы, в принципе, можете утверждать, что там никаких данных вообще нет, то, что создатели называют plausible denaiability), однако какой-нибудь доброжелатель может по незнанию ее отформатировать и, тем-самым, уничтожить ваш шифрованный том.
Во втором случе на ней будет файл, который, зная пароль, можно смонтировать как отдельное устройство. Кроме этого файла там же можно держать не секретные фалы.
Я так понимаю это именно то, что вы хотите.
Нужно запустить TrueCrypt
Volumes - Create New Volume - Create An Encrypted File Container - Next - Standard True Crypt Volume - выбрать название файла, скажем secret.tc и указать путь, где его разместить. Создавать его можно где угодно, а на флешку можно переместить и потом - это не важно. Удобно присвоить ему расширение именно tc, т.к. в этом случае по щелчку на файле будет автоматически запускаться True Crypt.
Next - Next - выбрать размер (например 1 Gb) - Next - выбрать пароль (можно с пробелами) - Next - подергать мышью по окну для генерации случайной последовательности - Format - Exit.
Все, в нужном месте создан шифрованый файл нужного размера.
Чтобы его смонтировать - щелкнуть по файлу, выбрать букву диска, в качестве которого он будет смонтирован (например I:), Mount, ввести пароль.
После этого у вас в системе появляется пустой диск I:/ объемом 1 Gb. Вы можете перенести туда свои секретные файлы.
Чтобы снова размонтировать его - Dismount.
Я советую потом еще этот tc файл скопировать на компьютер и повторять это регулярно - чтобы не потерять данные, если флешка сломается или потеряется.
Ну и иметь ввиду, что если в windows живет троян, то пока диск смонтирован - он запросто будет иметь к нему доступ. Да и пароль, когда вы его вводите, наверное можно перехватить.