А чего там разбираться? В одном случае имеем картинку и все, в другом - построчный текст (последовательность символов) плюс шрифт для отображения. При скане с OCR получаются смешанные - на экране видим картинку, а невидимый OCR-слой используется для поиска и копирования текста в буфер. Создается тем же FineReader-ом, например (как PDF/A). Поэтому наличие или отсутствие этого слоя обычно никак не влияет на качество конвертации, если оная производится FR.
Я вообще не понимаю этой фишки с преобразованием pdf. Если добавление OCR-слоя еще понятно и оправдано, то полное преобразование - вряд ли. Обычно приходилось распознавать абзац-другой для цитаты. То, что есть в pdf и может быть легко конвертнуто в текст - уже конвертнуто, этим занимаются опытные люди. По крайней мере, из моего личного опыта следует, что книжку без иллюстрации и сложного форматирования всегда можно найти в простом формате, если она есть в pdf. А вот сложноформатированные публикации (многоколоночная верстка, формулы, картинки, врезанные в текст, подстрочные и надстрочные индексы и т.п.) конвертировать, повторю, мегагеморройно и абсолютно бессмысленно. Пустая трата времени.