msconfig знать тоже очень полезно и даже необходимо. Но может оказаться поздно туда заглядывать. Троян, бывает, после одной перезагрузки уже хрен вытрешь.. Пока не перезагрузился - всё буд-то в порядке, а потом начинается ААДЪ. Поэтому важно, как не дать ему "прописАться".
Сначала я ставил себе и "клиентам" TeаТimer (это часть Spybot Search&Destroy). Маленький такой и совсем простой. Хотя и в нём умудрились наглючить. WinPatrol - посложнее, зато защищает не только автозагрузку, а и hosts, Сервисы, проводниковое пространство - всякие хелперы, тулбары..
Конечно, WinPatrol требует наработки. Я всегда так говорю: если вы сами в данный момент не ставите никаких программ, то и изменения в системе следует игнорировать. Жмите "Reject Change"
Вроде помогает) Так, некоторые люди стали обращаться за помощью (почистить, "у меня тут что-то выскочило") гораздо реже! С другой стороны, всё установленное вроде бы работает как надо)
Ах, да! Есть ещё совсем простенькая тулза StartupMonitor. Установщик - 125КБ) На любителя)