Если на другом жёстком диске уже имеется одна копия ╚Windows ╩, то при установке на компьютер других ОС, они отследят наличие первых и автоматически сделают общими загрузочные файлы. То есть систем будет две, а файлы (╚ntldr╩, ╚NTDETECT.COM╩, ╚boot.ini╩, ╚bootsect.dos╩ будут общими.
Поэтому ставте вторую ОС на первый диск а второй обьедените.Какая разница где будет стоять старая ось.После установки новой ОС будет предложен выбор,какую ОС запустить.

Это бесполезная трата времени и чревата последствиями.
1.Во время установки новой ОС.загрузчик все равно перезапишется.А чревата тем что потеряются пути к некоторым файлам и папкам.

Вполне уместный вопрос.Я бы тоже так спросил!
Загрузочные файлы обычно скрытые и их несколько. И где фаил подкачки?
И прежде чем удалить мусор с первого диска, убедитесь что это мусор.
Все написанное дальше чисто для информации на будущее.
Если хотите разные то отключите все жёсткие диски кроме одного (отключите именно физически, для чего достаточно отключить разъём подающий на него питание. ВНИМАНИЕ! Не забудьте перед этим отключить компьютер и вынуть вилку из розетки). Установите на этот диск ╚Windows XP╩, после чего отключите этот жёсткий диск (физически) и подключите другой жёсткий диск, поставьте на него ХР, отключите, подключите следующий и т.д. Таким образом, Вы получите независимые друг от друга операционные системы, каждая на своём диске и у каждой будут собственные загрузочные файлы в корневой директории системного диска. Это хорошо и ╚в плане защиты от вирусов╩, и вообще при любых возможных сбоях, так как при повреждении загрузочных файлов одной ОС, файлы другой останутся целыми.
Корректируем файл ╚boot.ini╩, чтобы в загрузочном меню появилась возможность выбирать загрузку любой ОС, не заходя в BIOS. Лучше всего (удобней) это сделать в ╚boot.ini╩ той XP, которая стоит на диске, имеющем в BIOS наименьший порядковый номер, а именно номер ╚0╩ (нумерация дисков начинается именно с нуля).
Во-первых, выставьте в BIOS для этого диска набольший приоритет, а во-вторых, в файл ╚boot.ini╩, который выглядит так (XP установлена на диск ╚С╩ в папку [C:\Windows]):
[boot loader] timeout=30 default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS [operating systems] multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Windows XP Professional" /fastdetect
добавьте строку:
multi(0)disk(0)rdisk(X)partition(Y)\WINDOWS="Windows XP Professional (NEW)" /fastdetect
где:
X - порядковый номер диска, на котором стоит та ╚Windows XP╩, которую Вы хотите прописать в загрузочное меню (1, 2 или 3),
Y - порядковый номер раздела жесткого диска, на котором стоит та ╚Windows XP╩, которую Вы хотите прописать в загрузочное меню (нумерация разделов начинается с ╚1╩, например, локальный диск ╚С╩ - 1, ╚D╩ - 2, и т.д.).
То есть, если ╚Windows XP╩, которую Вы хотите добавить в загрузочное меню установлена на локальный диск ╚E╩, жёсткого диска, имеющего в BIOS порядковый номер ╚2╩, то наш файл ╚boot.ini╩ будет выглядеть, например, так:
[boot loader] timeout=30 default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS [operating systems] multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Windows XP Professional" /fastdetect multi(0)disk(0)rdisk(2)partition(3)\WINDOWS="Windows XP Professional (NEW)" /fastdetect
Аналогично добавляются в это загрузочное меню и все остальные ╚Windows ╩.
Желаю удачи!