Макро не такая гибкая вещь.. Что-нибудь меняется, положение окон или имена - и макро больше не работает. Я, когда нужно автиматизировать программу, беру WinBatch (платная). Она умеет находить окно, даже если оно свёрнуто или не активно. Но требуется время для наработки. Другая известная прога - AutoIt (free) - наверное тебе подойдёт. http://www.autoitscript.com/autoit3/
Ты работал с DOS? Для повторяющихся операций с файлами удобно просто писать bat.
Скрипты можно писать, как админы делают (WSH) http://de.wikipedia.org/wiki/Windows_Script_Host.
Кроме того есть программки, просто облегчающие работу с файлами. Вот, альтернативные файловые менеджеры. Например: Total Commander, Xplorer, Directory Opus. В них как правило работа идёт в двух(и более)оконном режиме, много горячих клавиш, настройка под пользователя, и т.д.. Кое-кто просто тащится от TC :) Говорят, если привыкнешь, то к екплореру не вернёшься. ))
Или утилиты, которые встраиваются в Explorer и добавляют удобные фичи, для быстрой навигации, закладок: FastFolders http://desksoft.com/FastFolders_Screenshot.htm Direct Folders http://www.codesector.com/directfolders-demo.htm