Нужно ли указывать доходы и расходы общей суммой за день или по каждой операции отдельно?

по каждой отдельно

У меня оплата происходиl как наличными, так и картой. Как правильно записывать оплату картой в кассовую книгу — вместе с наличными или отдельно?

у вас ест ь кассовый аппарат или только терминал? от этого зависит ответ

Как правильно учитывать испорченные или выброшенные продукты? Ежедневно или за весь период сразу? И нужно ли вносить это в кассовую книгу?

записывать сколько выбросили и на какую сумму, раз в месяц составлять общий акт списания, вноcить никуда не надо, хранить в документах.

Я не оформлял(а) счета (чеки) на продажи. Сейчас мне нужно делать чек или счет на каждую операцию и наличную продажу? Так как в кассовой книге требуется указывать номер документа (билета/чека) на каждую продажу.

по правилам вы должны (типа) выдавать счет или квитанцию на каждую продажу. Сделайте все задним числом, перенумеруйте.... только чтоб нумерация сплошная, без пропусков была