то что вы написали абсолютно неважно. Есть двоиное налоговое Соглашение между Россией и Германии. Оно идет впреди национальных законодательств. Вы немецкий резидент. Я думал, что у вас там фирма остается. Так как етого нет, все налоги(подоходный и на прибыль) на все ваши доходы вы платите в Германии. Что касается НДС-то там посложнее. Зависит откуда поставки кому, на какие Суммы в год. Много тонкостей. Наличие у вас в России квартиры, прописки не играет роли никакои. Оно играет, но при ответе на один вопрос:чей страны вы резидент.
Вот посмотрите эту статью, пройдите по пунктам, прийдите к результату, чей страны вы резидент, вот там и будете налоги платить.
Статья 4
Резидент
1. Для целей настоящего Соглашения выражение "резидент Договаривающегося Государства" означает любое лицо, которое по законодательству этого Государства подлежит в нем налогообложению на основе своего местожительства, своего постоянного местопребывания, места своей регистрации в качестве юридического лица, места нахождения своего руководящего органа или иного аналогичного критерия. Указанное выражение не распространяется, однако, на лиц, которые подлежат налогообложению в этом Государстве только в отношении доходов из источников в этом Государстве или в отношении имущества, расположенного в этом Государстве.
2. В случае, если согласно положениям пункта 1 настоящей статьи физическое лицо является резидентом обоих Договаривающихся Государств, действуют следующие положения:
a) лицо считается резидентом того Государства, в котором оно располагает постоянным жилищем; если оно располагает постоянным жилищем в обоих Государствах, то оно считается резидентом того Государства, в котором оно имеет наиболее тесные личные и экономические связи (центр жизненных интересов);
b) в случае, если Государство, в котором лицо имеет центр жизненных интересов, не может быть определено, или если лицо не располагает постоянным жилищем ни в одном из Государств, оно считается резидентом того Государства, в котором оно обычно проживает;
c) если лицо обычно проживает в обоих Государствах или если оно обычно не проживает ни в одном из них, оно считается резидентом того Государства, гражданином которого оно является;
d) если каждое из Договаривающихся Государств рассматривает лицо в качестве своего гражданина или если ни одно из Договаривающихся Государств не считает его таковым, то компетентные органы Договаривающихся Государств решают этот вопрос по взаимному согласию.
3. В случае, если согласно положениям пункта 1 настоящей статьи лицо, иное чем физическое лицо, является резидентом обоих Договаривающихся Государств, то оно считается резидентом того Договаривающегося Государства, в котором расположен его фактический руководящий орган.