Если руководствоваться практикой в этих вопросах, то конечно налоговая не будет отслеживать ваши перемещения туда - сюда. Они будут судить о времени вашего пребывания и работы в России по сдаваемым вами отчетам (у меня были ежеквартальные). Сдаете отчеты, значит работаете в России. Я думаю, если с этим у вас будет в порядке, значит проблем не будет.
У меня была ситуация несколько другая. Мой бизнес в России был сезонным (теплое время года), поэтому и работал я в России только пол года. На остальное время возвращался в Германию. При этом сниматься с учета в Германии нет необходимости.
Поскольку при наличии российского гражданства, можно прописаться в России временно на несколько лет. Правда я не вкурсе возможна ли регистрация ИЧП по временной регистрации. У меня ИЧП было создано еще при жизни в России, и я его не закрывал после выезда в Германию.
Отношения в налоговой у меня были настолько налажены, что мои контролеры знали, что я живу и работаю в России всего 5 - 5,5 месяцев, и чтобы мне не платить 30% налога, они посоветовали мне заполнять и сдавать отчет авансом за последующие кварталы (когда я не работал, а уезжал в Германию). Отчеты я составлял с прочерками во всех графах, поскольку не было доходов. Декларацию тоже составлял перед отьездом в Германию в конце октября, по итогам фактических доходов за лето. Дату заполнения конечно ставил 10 -15 января следующего года и сдавал своему бератору в России. Но это надо иметь друзей в налоговой, которые бы пошли на такое.