Денег в Германии существует две формы: наличные и безналичные, при этом на налогообложение форма расчетов не влияетю Предполагаю, что под электронными деньгами вы подразумеваете обычный безнал. Предполагаю также, что в России отношение к форме оплаты точно такое же, как и в Германии, с той разщницей, что в Германии "белые" расчеты наличными не ограничены ничем, к ним просто предъявляется больше требований по документированию, в то время как в России, есали не ошибаюсь, наличный оборот в расчетах между предпринимателями жестко ограничен.
если вы имеете в виду ситуацию, в которой предприниматель, оплачивая счет контрагента или субподрядчика, должен ужержать у него определенную сумму в счет его, субподрядчика, налогов, то этого, как правило, нет. такое имеет место только в строительстве и для очень незначительного числа предпринимателей, которым отказано в доверии.
Если субпдрядчик - внутригерманский предприниматель и выставил вам в счете еще и 19 % НДС, то вас долна волновать не сам факт и не сумма НДС, а правильность ее выставления, поскольку если счет оформлен правильно, вы получите этот НДС из бюджета назад, а нет - так нет.